Foi criado ao abrigo do Decreto número 5 do Conselho de Ministros da República Popular de Angola, e publicado no Diário da República I, Série, n.º 5, em 20 de Janeiro de 1990. Insere-se no Subsistema de Ensino Superior do Sistema de Educação e Ensino da República de Angola, e o órgão reitor de suas atividades académicas a Universidade Agostinho Neto. No período de 1989 a 2001 coube ao Ministério da Saúde, MINSA, a responsabilidade de garantir os recursos humanos, materiais e financeiros indispensáveis ao normal funcionamento dos programas de formação da instituição. A partir de Setembro de 2001 a Universidade Agostinho Neto passou a responsabilizar-se pela gestão administrativa e académico - científica; sendo ministrado na altura apenas o curso de Licenciatura em Enfermagem. Em 2010, a luz da política de redimencionamento po subsistema de ensino superior, o ISE evoluio para Instituto Superior de Ciências da Saúde, com a criação de um total de 18 cursos que abrirão faseadamente. No ano lectivo 2011, arrancou o curso de Farmácia, e foram incorporados os cursos de Psicologia Clínica e Escolar que funcionavam na estinta faculdade de letras e Ciencias Sociais.
