Misión: Como Institución de Educación Superior, desarrolla acciones en investigación, docencia y proyección social, con el propósito de beneficiar al mayor número de personas tanto de la comunidad como de la sociedad en general, partiendo de la base de la naturaleza del ser humano como ente libre, responsable de sus propios actos, capaz de asociarse y actuar democráticamente, integrante de una comunidad con características culturales y valores éticos y morales que le confieren una identidad. Visión: En el inmediato futuro nos percibimos como una Universidad orientada por principios cristianos, humanísticos y civilistas en beneficio de los fines educativos del sistema de educación colombiano y del mejoramiento sustentable y sostenible de la sociedad y las distintas comunidades y etnias multiculturales del país. Valores: La Fundación Universitaria San Martín se concibe como un espacio propicio para vivenciar los valores en interacción con el saber, saber hacer, saber aprender a aprender y saber ser en completa armonía. Así, los valores y principios que se pretenden consolidar y promover desde todas las acciones académicas, administrativas y curriculares se fundamentan en el respeto por la vida, los derechos humanos, los valores católicos, la protección del medio ambiente y la defensa de la biodiversidad. Los principios y valores que nos rigen son:
* Igualdad: Para una Educación Superior accesible a quienes demuestren poseer las capacidades requeridas y cumplan con las condiciones académicas exigidas para cada caso sin distingo de raza, religión, filiación política u otros y llegar a ser contado entre los miembros de la comunidad San Martiniana.
* Autonomía: para el manejo adecuado de su institucionalidad y de la orientación académica que ofrece.
* Respeto: entendido como la base para las relaciones interpersonales, que permita el reconocimiento del otro y la diversidad.
* Pertenencia: incentivando a la apropiación de la Institución, su misión, visión y fundamentos.
* Calidad: la cual genere un mejoramiento continuo, a través de la autoevaluación y autorregulación, puesto al servicio de la comunidad.
* Compromiso: para alcanzar las metas propuestas y atender a la responsabilidad social que se tiene con el País.
* Permanencia: la cual permita el desarrollo adecuado de los proyectos formativos y de expansión de la FUSM, basados en su Misión y Visión
* Participación: en la que toda la comunidad educativa participe de los procesos de transformación Institucional.
* Unidad: para articular los procesos formativos y administrativos que permitan la proyección de la FUSM.