Em 13 de janeiro de 1985, foi realizada a primeira reunião, com os pais de alunos, excepcionais e algumas pessoas da comunidade, para tratar da fundação de uma APAE (Associação de Pais e Amigos dos Excepcionais) dentro do município de Várzea Paulista. A partir dessa data que se iniciou uma grande batalha, contando com alguns pais e amigos, para resolver os problemas das crianças excepcionais.
Com a primeira Diretoria eleita, foi se traçando os objetivos a serem cumpridos pela Entidade e os documentos necessários, além da busca de um local onde seria construída a APAE de Várzea Paulista.
Com o projeto de Lei número 1368/91 da Câmara Municipal de Várzea Paulista, que a APAE pode ser agraciada com uma área de terreno com 3.113.28 m², localizada no sistema de recreio do Jardim Cruz Alta, na rua Alberto de Oliveira.
A partir daí, foram programados uma série de eventos: almoços, bingos, chás, jantares, bailes e outros, com o intuito de se construir o prédio da Entidade.
Houve também uma resposta muito positiva da comunidade Varzina, inclusive com a participação dos alunos da rede municipal e estadual, onde cada aluno trouxe um bloco para acelerar a construção do prédio. Houve também a campanha do telhado, que contou com a colaboração dos funcionários de uma empresa da cidade, a Mecânica Continental, que envolvida com a urgente necessidade de uma APAE na cidade, conseguiu a maior parte das telhas necessárias para a cobertura do prédio. Também houve a participação das indústrias: Krupp Metalúrgica do Brasil, Elekeiroz S/A e KSB Bombas Hidráulicas S/A, que colaboraram com doações em dinheiro para a construção.
Em 10 de janeiro de 1992 foram, concluídas as obras. Os Diretores da APAE, em reunião, buscavam ideias para início dos trabalhos.
Como não tinham na época, condições financeiras para a contratação de profissionais da área, surgiram à ideia de montar uma fisioterapia para o atendimento gratuito às pessoas. Com isso possibilitou a solicitação, junto a Prefeitura Municipal, a Declaração de Utilidade Pública da APAE, o que permitiria a Prefeitura repassar uma verba à Entidade para serem feitas as primeiras contratações.
Mais a realização de algumas pessoas voluntárias, a APAE pode começar o atendimento no setor de Estimulação Essencial com as crianças de zero a seis anos.
Foi declarada Utilidade Pública Municipal com a Lei número 1.223 de 23 de Dezembro de 1991, Utilidade Pública Estadual Lei número 44.324 de 11 de outubro de 2000, Utilidade Pública Federal Lei número 15.285/12 de 08 de novembro de 1996, registrada no CNAS (Conselho Nacional de Assistência Social) número 44.006.002.658/96-51, registrada na FENAPAE (Federação Nacional das APAES) número 936, obteve o Certificado de Entidade de Fins Filantrópicos Lei número 8.212 de 24 de julho de 1991, registrada na Secretaria da Criança, Família e Bem Estar Social sob número 4.776 e muitos outros que comprovam o funcionamento regular desta Entidade.
Porém foi em 1997 que a APAE de Várzea Paulista deu o seu maior passo, com a conclusão de mais um prédio onde foi instalado o setor de fisioterapia, foi realizada uma reforma para atender crianças e adolescentes de Escola de Educação Especial, com autorização publicada no D.O E. de 29 de novembro de 1997, iniciando seu funcionamento em 09 de fevereiro de 1998, recebendo o nome de Escola de Educação Especial Monteiro Lobato.
Em 8 de novembro de 2002 foi inaugurado na Escola de Educação Especial Monteiro Lobato o Laboratório de Informática cedido pelo Programa de Informática na Educação Especial – PROINESP III, mantido pelo Ministério da Educação/ Secretaria de Educação Especial e Federação Nacional das APAES.
Este laboratório recebeu o nome de Jeanette Dulce Gut Fontanetti, em homenagem a idealizadora e fundadora da APAE de Várzea Paulista.
A partir de 2003 houve mudança na denominação da Escola para Escola de Educação Infantil e Ensino Fundamental Monteiro Lobato .
