La Institución fue creada en 1.962, es decir hace aproximadamente 46 años, cuando funcionaba como dependencia del desaparecido Servicio de Salud del Huila; posteriormente fue adherido al Hospital Departamental "San Antonio" de la ciudad de Pitalito, siendo el Centro Asistencial adscrito al de Segundo Nivel y dependió económica y administrativamente del último hasta nueve de septiembre de 1.997. De ahí en adelante empieza a funcionar como Centro de Salud "San José", dejando atrás el manejo administrativo del Hospital Regional de Pitalito y se nombra el primer director. Posteriormente, el 9 de septiembre de 2.002 según el Acuerdo Número 018 se constituyó como una entidad descentralizada del orden municipal, dotada de personería jurídica, autonomía administrativa y patrimonio propio, adscrita a la dirección local de salud de Isnos Huila. El Honorable Concejo Municipal mediante acuerdo Nº 09 de mayo 30 de 2.007, transformó la Unidad Administrativa Especial en una Empresa Social del Estado de carácter municipal, bajo el amparo e implementación de la ley 1122 de 2.007, estableciendo entonces que su nombre para efectos legales seria: Empresa Social del Estado Hospital San José.
