En los años noventa vivió los problemas del sistema de salud del país, siendo gravemente afectado por ellos. Sin embargo, el compromiso de su talento humano hizo que los procesos planeados para enfrentar la situación no sólo lograran mantener la calidad de los servicios, sino que la mejoraran. En ese empeño el Hospital fue reconocido con el Certificado de Aseguramiento de la Calidad, ISO 9001 versión 2008 y en julio de 2009 con El CERTIFICADO DE ACREDITACIÓN EN SALUD, otorgado por el ICONTEC y homologado internacionalmente por el ISQUA, que lo posicionó como el primer centro psiquiátrico del país en obtener la Acreditación y como uno de los más prestigiosos de Latinoamérica. Hoy, después de estos años de trabajo, el Hospital es líder en intervenciones de acuerdo con las investigaciones científicas del momento, con protocolos ceñidos al rigor académico; es centro de educación universitaria donde se entrenan los pregrados de medicina, enfermería, psicología y otras disciplinas afines, de cinco universidades, y los posgrados de psiquiatría, psicología clínica con énfasis en investigación y salud mental para enfermería, de la Universidad del Valle; se viene haciendo énfasis en la garantía de seguridad del paciente, siendo éste un aspecto de primero orden en el trabajo diario, y un programa de humanización de la atención que busca la reducción del estigma y la inclusión social. Para llevar a buen término todo lo anterior, hay una gestión administrativa dirigida a mantener la institución en un adecuado cumplimiento de los indicadores financieros. Hemos retomado el camino del mejoramiento continuo y la institución se encuentra certificada con la NTC ISO 9001 versión 2015, mención otorgada en diciembre de 2017.
