En el año de 1967, los Hermanos de la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios van a Ecuador a fundar en la Ciudad de Quito el Centro de Reposo. Todo ello para responder a la necesidad de dar atención más humana e integral al paciente psiquiátrico. Se inicia así su funcionamiento en el mandato del Padre General de la Orden de los Hermanos de San Juan de Dios, Fray Higinio Aparicio; siendo Hermano Provincial Fray Fernando Lorente, quien nombra como Superior de esta nueva Comunidad Religiosa a Fray Antonio María Mateos y Director Médico al Sr. En un principio, comienza a funcionar en el Barrio El Inca de la Ciudad de Quito, trabajando con pacientes del Seguro Social, Particulares y de Beneficencia, adquiriendo prestigio a un corto tiempo, lo que lleva a un incremento del número de pacientes. Todo ello, hace que las instalaciones del área física se queden pequeñas, viéndose la necesidad de construir una infraestructura más amplia. Ante tal situación, en el año de 1976 se traslada al Valle de los Chillos a un terreno donado por la Curia Arquidiocesana, donde se inicia la construcción de la nueva Clínica Psiquiátrica. En el año de 1985, el Dr. José Cruz Dueñas, Director Médico y el Hno. Rodrigo Maldonado Director Administrativo, sienten la necesidad de crear el área de Psicogeriatría, en un principio para pacientes ancianos que presentaban patología de tipo psiquiátrico, dejando a cargo al Dr. Fausto Guerrero el cuidado de este servicio. El interés del Dr. José Cruz Cueva y del Hno. Antonio Barreno por congregar a los laicos y Hermanos de San Juan de Dios que trabajan en los diferentes Centros Psiquiátricos de Latinoamérica, crean el primer Congreso Iberoamericano de Psiquiatría de San Juan de Dios, con el fin de confraternizar y a la vez conocer el trabajo que se realiza en los diferentes Centros de la Orden. Dicho congreso se realiza cada 3 años en Sedes diferentes de los Hermanos Hospitalarios en Latinoamérica. En 1990 siendo Director Administrativo el Hno. Antonio Vásquez se retiró de su cargo Dr. José Cruz Cueva y se nombra como Director Médico al Sr. Dr. Pacífico Gallegos Acosta, quien da un cambio importante en la atención asistencial incrementando el número de Médicos Especialistas, Residentes, Enfermeras, Terapistas. Además, realiza nuevos convenios institucionales con: Instituto de Seguridad Social de Fuerzas Armadas - ISSFA, Dirección Nacional de Salud de la Policía Nacional - ISSPOL y ECUASANITAS.
