Pada tahun 1947 dimulai dengan penggusuran tanah, sedangkan pembangunan baru dimulai tahun 1948.Pada tahun 1950 dibangun ruangan lelaki, ruangan wanita dan ruangan menular, masing-masing 391,56 m2. Belum sempat rumah sakit difungsikan terjadi pendaratan Tentara Nasional Indonesia (TNI) di Ambon, sehingga rakyat di daerah Kudamati, Benteng dan sekitarnya mengungsi dan tinggal di rumah sakit. Setelah keadaan pulih kembali, rakyat yang mengungsi kembali ke rumah mereka. Bangunan rumah sakit ini dimanfaatkan lagi oleh TNI dan keluarganya sebagai asrama. Tahun 1951 bangunan rumah sakit dikosongkan namun dalam keadaan rusak berat sehinga perlu diperbaiki lagi. Disamping perbaikan dibangun p**a asrama bagi siswa juru rawat lelaki dan kantor tata usaha sementara seluas 391,56 m2, asrama siswa juru rawat wanita, laboratorium, klinik OK, ruang interne sementara seluas 391,56 m2, dapur, gudang, tempat cuci, ruangan rontgen, kamar operasi sementara seluas 627,40 m2, kamar mayat seluas 78 m2, garasi seluas 72 m2 dan kamar mesin listrik seluas 35 m2. Rumah sakit baru diresmikan pada tanggal 3 Maret 1954 dengan nama Rumah Sakit Umum Ambon dan dipimpin oleh Dr.L. Huliselan sebagai Kepala Rumah Sakit Umum Ambon yang pertama
