Da un Rescritto di Carlo I D'Angiò del 10 Marzo 1270 possiamo risalire al tempo in cui fu eretta la Chiesa parrocchiale di San Giovanni del Vaglio, così detta per il sito dove venne costruita, "Balium militum" (espressione della bassa latinità che significa "castello") e forse per la sua originaria destinazione di cappella delle guarnigioni del Castello. In seguito fu destinata al culto dei fedeli
. È un'ampia e armoniosa Chiesa a tre navate, divise da una doppia fila di sette colonne di ruvido travertino, che sostengono archi a tutto sesto. Oltre all'altare maggiore, posto al centro di un vasto presbiterio di forma rettangolare sopraelevato, di oltre un metro sul piano della Chiesa, vi sono altri sette altari nelle navate laterali. Dietro l'altare maggiore, in un semicerchio che si apre nella parete absidale, vi è un coro ligneo, ricordo dello scomparso Capitolo Palatino, con trono sormontato da baldacchino, anch'esso in legno, dove sedeva il Cappellano Maggiore e l'Arcivescovo in Santa Visita. Le due bancate addossate al muro, ai lati del presbiterio, erano i posti riservati alle autorità Provinciali, Baronali e Comunali, quando Montefusco era capoluogo di Provincia. All'inizio della navata di destra, subito dopo l'ingresso principale, si scende in una piccola cappella, riccamente decorata a stucco e con affreschi settecenteschi alle pareti, dove è custodito il Fonte Battesimale: una grande coppa in marmo sostenuta da un troncone di colonna scanalata, di classica fattura, sormontata da una custodia in legno. A tale Fonte Battesimale, il 2 Gennaio 1849, fu battezzata la Beata Teresa Manganiello (Montefusco 1 Gennaio 1849 - 4 Novembre 1876), dell'Ordine Francescano secolare, "Madre Spirituale" e "Pietra Angolare" della Congregazione delle Suore Francescane Immacolatine, la cui memoria si celebra il 15 Maggio. In fondo alla stessa navata, ai piedi della breve gradinata che porta al presbiterio, si apre la cappella della Santa Spina, separata dalla Chiesa da una artistica invetriata. In essa vi è un ricco altare di marmo rossiccio (pietra di Vitulano) fatto costruire dal Comune di Montefusco nel 1886, sul quale, è incastonato il Tabernacolo e, al di sopra di questo, si apre nel muro un reliquiario a custodia dove si conserva la reliquia della Sacra Spina (Patrona di Montefusco). La forma attuale della Chiesa è del 1700 se si eccettua l'apparato interno. Il soffitto è in legno decorato con motivi floreali e il pavimento è di fine ceramica settecentesca, purtroppo quest'ultimo, segnato dal tempo. In fondo alla navata di sinistra, sopra l'arco della cappella di San Michele, è conservato un frammento di affresco risalente al XIII sec.: questo può essere una traccia della presenza di pitture parietali dell'antica Chiesa medievale, restaurata da Ferdinando I d'Aragona, che rimase danneggiata dal terremoto del 5 giugno 1688. Dopo i danni del terremoto, l'Arcivescovo Orsini (futuro Papa Benedetto XIII), in diversi minuziosi decreti spediti al clero di San Giovanni del Vaglio, ottenne che la Chiesa si ricostruisse in maniera più razionale ed armonica (aspetto attuale). Il nuovo campanile non si era nemmeno iniziato a costruire quando fu consacrata la Chiesa. Tutti gli sforzi finanziari erano stati rivolti alla Chiesa e passarono parecchi anni prima che la torre campanaria fosse completata. Nel 1716 si era a metà dell'opera e il pubblico orologio era sistemato sul fronte di un attiguo palazzo e l'Università pagava 20 carlini annui per l'appoggio. Nel 1921 la Curia Arcivescovile di Benevento, tenuto conto che la Chiesa di San Giovanni versava in gravi condizioni di indigenza e abbandono, elaborò un progetto che contemplava in essa l'erezione a Parrocchia. Non mancarono difficoltà! Dopo il Decreto Arcivescovile che erigeva la Parrocchia di San Giovanni del Vaglio, nel 1949 si ebbe il riconoscimento civile. La sua prerogativa è quella d'essere stata fino al 1949 Chiesa Reale o Palatina.
