Kauno klinikos Neonatologijos kliniką sudaro du skyriai – Naujagimių reanimacijos ir intensyvios terapijos (10 lovų) ir Naujagimių ligų (80 lovų), bei Kūdikių vystymosi stebėjimo kabinetas. Neonatologijos klinikoje tiriami ir gydomi laiku bei prieš laiką gimę naujagimiai iš Kauno, Klaipėdos ir Šiaulių kraštų. Klinikoje dirba socialinė darbuotoja bei psichologė, bendraujančios su sergančių naujagimių motinomis. Naujagimių reanimacijos ir intensyvios terapijos skyrius vienas moderniausių Pabaltijo šalyse. Kasmet skyriuje gydoma apie 500 sunkiai sergančių naujagimių, kuriems reikalinga infuzinė terapija, gyvybinių funkcijų monitoravimas, dirbtinė plaučių ventiliacija. Neišnešioti naujagimiai sudaro apie 70 %, iš kurių apie 30-35 % - labai mažo gimimo svorio, iki 1500 g. Patyręs medicinos personalas, naudodamasis šiuolaikine aparatūra, sėkmingai gydo ir slaugo net pačius mažiausius, 500-700 g sveriančius naujagimius. 1998 m. naujagimių reanimacijos ir intensyvios terapijos skyriuje įkurta operacinė. Čia operuojami naujagimiai dėl apsigimimų bei ligų, kurioms reikia chirurginės intervencijos. Naujagimius operuoja įvairių specialybių gydytojai: vaikų chirurgai, neurochirurgai, kardiochirurgai, okulistai, veido žandikaulių chirurgai, plastinės chirurgijos specialistai ir kt. Sunkiai sergantys naujagimiai iš kitų ligoninių atvežami šiuolaikiniu reanimobiliu, kuriuose galima suteikti visą reikiamą pagalbą (dirbtinė plaučių ventiliacija, infuzinė terapija, gyvybinių funkcijų monitoravimas). Šiuo metu skyriuje dirba 10 gydytojų ir 44 slaugytojos. Naujagimių ligų skyriuje kasmet gydoma apie 3500 prieš laiką ir laiku gimusių naujagimių, sergančių įgimtomis ir įgytomis infekcijomis, kvėpavimo, širdies, virškinimo, inkstų, nervų sistemų ligomis, turintys raidos sutrikimų bei kuriems reikalingas gydymas po sunkių chirurginių operacijų. Čia gydyti nukreipiami kitose ligoninėse ar skyriuose gydyti, bet dar ne visai pasveikę naujagimiai, kuriems būtina taikyti sudėtingus tyrimo ar gydymo metodus. Dalį naujagimių atsiunčia šeimos gydytojai ar apylinkės pediatrai. Šiuo metu skyriuje dirba 22 gydytojai ir 85 slaugytojų, bei 22 pagalbiniai darbuotojai. Kūdikių vystymosi stebėjimo kabinete dirbantys specialistai užtikrina ilgalaikį labai mažo gimimo svorio ir sunkiai sirgusių naujagimių sveikatos išeičių stebėjimą ir sveikatos priežiūrą. Sveikatos priežiūros aspektai: augimas, bendra sveikatos būklė, vystymosi raida, atliekami būtini instrumentiniai laboratoriniai tyrimai, prireikus, konsultuojamasi su kitais specialistais (socialiniu darbuotoju, psichologu, vaikų okulistu, vaikų surdologu, vaikų neurochirurgu, vaikų neurologu ir kt.). Kabinete dirba neonatologas, echoskopuotojas, vaikų slaugytoja.