Vėliau duomenis apie ją randame nuo 1941 metų, kur jivadinosi Trakų apskrities ligonine. Nuo 1946 metų Trakų ligoninei vadovavo gydytojas S.Krasnych. Tuo metu ligoninėje veikė terapijos, chirurgijos, infekcinis, akušerijos skyriai iroperacinė ir poliklinika, kuri buvo įkurta 1945 metais. ji vadinosi Trakų rajono centrine ligonine.Nuo 1944 metų randame duomenis, kad rajone veikė ir Sveikatos apsaugos skyrius, kuriam vadovavo gydytojas A. Gamperis. Nuo 1956 m. ligoninei vadovavo gydytoja L. Nečajeva.
1965 metais buvo centralizuotos rajono gydymo įstaigos, kurios tapo pavaldžios Trakų rajono centrinės ligoninės vyriausiajam gydytojui. Tuo laiku ligoninei vadovavo gydytojas A. Berukštis. Tada rajone veikė Elektrėnų, Grigiškių, Lentvario, Vievio, Onuškio Aukštadvario ir Semeliškių ligoninės, Rūdiškių ambulatorija, Aukštadvario Tuberkuliozės ligoninė, Trakų prieštuberkuliozinis dispanseris, Trakų sanitarijos-epidemiologijos stotis, 25 felčeriniai- akušeriniai punktai ir 5 sveikatos punktai prie įmonių. Nuo 1997 m. reorganizavus gydymo įstaigas, ir įkūrus Savivaldybės gydytojo tarnybą, Trakų rajono centrinė ligoninė tapo viešąja įstaiga Trakų ligonine. Tuo metu jai vadovavo gydytojas P. V. Mockus. Nuo 2006 m. ligoninei vadovauja gydytojas A. Goldin. Nuo 2016 m. lapkričio mėn. ligoninės vadovu paskirtas A.Česnulevičius.
Šiuo metu ligoninėje dirba 275 darbuotojai ir yra veikiančios 99 lovos, su Terapijos, Chirurgijos-traumatologijos, Akušerijos-ginekologijos, Vaikų ligų, Anesteziologijos- reanimacijos ir intensyviosios terapijos, Priėmimo – skubiosios pagalbos, slaugos ir palaikomojo gydymo, dienos chirurgijos skyriais, operacine ir konsultacine poliklinika.
