antroje pusėje per Vilnių buvo nutiesta geležinkelio linija Peterburgas-Varšuva. Šiuo geležinkelio ruožu buvo gabenami kroviniai, vežami keleiviai, todėl atsirado poreikis statyti ligoninę. atidaryta 150 vietų ligoninė, skirta geležinkelininkams ir karo įgulai gydyti.
1938-aisiais, lenkų okupacijos metais, ligoninės personalą sudarė 18 gydytojų, 26 bendrosios praktikos slaugytojos, 49 slaugės ir
ūkio bei raštinės darbuotojai. Tais metais gydėsi 4291 ligonis (79 342 lovadieniai). Už vieną dieną ligoninėje reikėjo mokėti 7 zlotus. 15% sumos mokėjo pats geležinkelietis, likusią dalį žinyba. Pašaliniai asmenys mokėdavo visą sumą. Hitlerinės okupacijos metais čia įsikūrė vokiečių sąjungininkai italų kareiviai. Jie ligoninės kieme įrengė požeminius sprogmenų sandėlius. Buvusi šimto penkiasdešimties vietų ligoninė pokario metais išaugo.
1985 m. 300 lovų ligoninėje įkurti pulmonologijos, kardiologijos, gastroenterologijos, nervų, otorinolaringologijos, akių ligų ir vaikų ligų skyriai. Vilniaus Pabaltijos apygarda jungė Kauną, Švenčionėlius, Jonavą, Dotnuvą, Kėdainius ir kitus miestus, todėl ir geležinkeliečiai buvo gydomi iš visos Respublikos. Lietuvos, Latvijos, Estijos, Kaliningrado srities geležinkelio medicinos įstaigoms vadovavo Rygos Pabaltijo gelažinkelio medicinos tarnyba. Vyko bendri susirinkimai, gydymo tarybos pasėdžiai, konferencijos. Gydytojų ir bendrosios praktikos slaugytojų atestavimas.
1992 m. ligoninę kuruoti pavesta Vilniaus m. savivaldybei. 1997 spalio 15 d. Vilniaus m. tarybos sprendimu, ligoninė reorganizuota į viešąją įstaigą Geležinkelininkų ligoninę.
1997 m. gruodžio mėn. ligoninė pertvarkyta į 20 lovų neurologijos, 20 lovų terapijos, 20 lovų gastroenterologijos, 50 lovų pūlingos traumatologijos (10 lovų ligoniams su nudegimamais ir nušalimais), 5 lovų somatinės intensyvios terapijos ir reanimacijos, 75 lovų palaikomojo gydymo ir slaugos skyrių. 1998 m. gegužės m. likviduota 20 kardiologinių lovų, 20 neurologonių lovų, 5 bendros terapijos lovos, 5 gastroenterologinės lovos, įsteigta 50 palaikomojo gydymo ir slaugos skyriaus lovų. Po metų perprofiliuojama 10 pūlingos traumatologijos skyriaus lovų į palaikomojo gydymo ir slaugos skyrių iki 60 lovų. Pūlingos traumatologijos lovų skaičius sumažintas iki 40 lovų. Nuo 2001 m. VšĮ Geležinkelininkų ligoninė pertvarkoma į 75 lovų I palaikomojo gydymo ir slaugos, 75 lovų II palaikomojo gydymo ir slaugos, 35 lovų neurologijos, 30 kardiologinių ir 20 bendros terapijos lovų, 5 intensyvios terapijos ir reanimacijos lovų skyrius. Sudarytos sutartys su Socialinės rūpybos skyriumi dėl paslaugų teikimo neapdraustiems, be gyvenamosios vietos slaugos ligoniams, kurie ligoninės socialinių darbuotojų ruošiami perkelti į globos namus.
2003 m. rugsėjo 15 d. LR Sveikatos apsaugos ministerija, pagal paruoštą verslo planą, pasirašė sutartį rekonstruoti ir renovuoti VšĮ Geležinkelininkų ligoninę iš Pasaulio banko paskolos lėšų.
2003 m. renovuojant ligoninę, pacientai ir personalas buvo laikinai perkelti į tuščias Šv. Jokūbo ligoninės patalpas, esančias Vasario 16-osios g. 10.
2004 sausio 30 d. VšĮ Geležinkelininkų ligoninė pervadinta į VšĮ Vilkpėdės ligoninę.
2004 kovo 8 d. VšĮ Vilkpėdės ligoninėje įkurtas III palaikomojo gydymo ir slaugos skyrius. Ligoninė vienu metu gali teikti paslaugas 282 ligoniams, per metus suteikdama 2614 paslaugų. Ligoninėje dirba kvalifikuotas, palyginti jaunas kolektyvas. Medikai dirba ir studijuoja universitetuose, kelia kvalifikaciją Lietuvoje ir užsienyje, diegia naujus gydymo ir slaugos metodus. Personalui suteiktos išskirtinės darbo ir poilsio sąlygos. Moderni slaugos aparatūra, priemonės padės slaugytojoms ir padejėjoms išvengti traumų keliant, slaugant ligonius. Po renovacijos ligoninė atidaryta 2004 m. Ligoniai ir personalas džiaugiasi modernia, Europos standartus atitinkančia ligonine, kuri padeda kenčiantiems onkoginiams, potrauminiams, lėtinėmis ligomis sergantiems ligoniams. Ligoninei miesto savivaldybė nupirko slaugos aparatūrą, medicinines lovas ligoniams. Įsigyti medicininiai bei kabinetų baldai, pradėtas trečio korpuso dalinis remontas ir aplinkos tvarkymas. savivaldybė iš privatizavimo fondo skyrė papildomai apie 3 mln. litų, kad ligoninė galėtų pradėti darbą.
2006m. baigtas trečio korpuso remontas, pakeisti langai, durys, nudažyta pastato vidus bei išorė, pakeista grindų danga. Užbaigtos ir jungiamosios dalies tarp pirmo bei trečio korpuso statybos.
