Организация возникла в середине 1990-х гг. сначала как объединение специалистов, занимавшихся оказанием помощи детям и подросткам, переживающим кризисные ситуации. Многие сотрудники фонда работали в первой в России кризисной психологической службе для детей и подростков, существовавшей при городской детской психиатрии Санкт-Петербурга. Этот практический опыт во многом послужил определению базовых направлений работы фонда «Новые Шаги».
В результате проводимых с середины 1990-х гг. сотрудниками фонда «Новые шаги» семинаров по проблемам насилия по отношению к детям и пренебрежения их нуждами многие специалисты - психологи, педагоги, социальные работники, врачи - в разных городах России от Санкт-Петербурга и Москвы до Хабаровска и Магадана впервые получили представление о проблемах жестокого обращения с детьми и приобрели навыки диагностики этих проблем и оказания помощи детям и их семьям.
Практически все известные некоммерческие организации Санкт-Петербурга, оказывающие помощь детям и неблагополучным семьям, привлекали психологов Фонда «Новые шаги» для обучения своих специалистов и представителей сотрудничающих с ними государственных социальных служб.
В 2003-2011 гг. специалисты фонда «Новые шаги» неоднократно привлекались к разработке и внедрению системы раннего выявления и технологий помощи детям, пострадавшим от жестокого обращения, обучению межведомственных команд специалистов и сопровождению работы социальных служб в разных регионах России.
В 2006-2007 гг. психологи фонда «Новые шаги» были включены в группу специалистов, оказывающих психологическую помощь детям, родителям и учителям в г.Беслане (Северная Осетия), пострадавшим в результате захвата школы террористами.
Сотрудниками фонда написаны и опубликованы ряд книг и методических пособий, посвященных практическим вопросам оказания помощи детям, пострадавшим от насилия и пренебрежения нуждами, и организации работы с их семьями:
• Алексеева И.А., Новосельский И.Г. «Жестокое обращение с ребенком. Причины. Последствия. Помощь.» (Москва: Генезис, 2006, - 256 стр – 1е издание; Москва: Национальный фонд защиты детей от жестокого обращения, 2010, - 460 стр., 2013 гг., - 470 стр – 2е и 3е издания, дополненные и переработанные)
• Алексеева И.А., Новосельский И.Г. «Реабилитационная работа с детьми, пережившими травму» (Москва: Национальный фонд защиты детей от жестокого обращения, 2013, - 238 стр.)
• Алексеева И.А., Новосельский И.Г. «Реабилитационная работа с детьми, пережившими травму, в условиях организаций для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей» (Москва: Национальный фонд защиты детей от жестокого обращения, 2015 – 232 стр.)
• Алексеева И.А., Новосельский И.Г. «Как услышать ребенка» - пособие для специалистов и руководство по проведению интервью с детьми-мигрантами (на примере детей из Молдовы), находящимися на территории Российской Федерации, в отношении которых решается вопрос о возвращении в Молдову либо интеграции в России (Москва: Национальный фонд защиты детей от жестокого обращения, 2012)
• Алексеева И.А., Новосельский И.Г., Жилина Э.В., Луполишина Т.В. «Работа с детьми, перенесшими психологические травмы. Методика группового тренинга» (Санкт-Петербург: Речь, 2012 – 156 стр.)
• «Дети риска. Практические аспекты психологической помощи детям, пострадавшим от насилия» (Санкт-Петербург: «Новые шаги», 2002 - 148 стр.)