มูลนิธิโรคกระดูกพรุนแห่งประเทศไทย ในพระอุปถัมภ์ของสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ จดทะเบียนก่อตั้งเป็นมูลนิธิเมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม พ.ศ. 2545
การก่อตั้งมูลนิธิโรคกระดูกพรุนแห่งประเทศไทยฯ เกิดขึ้นจากการร่วมมือกันของแพทย์สาขาต่างๆ เป็นกรรมการจัดการประชุมวิชาการโรคกระดูกพรุนแห่งกลุ่มประเทศเอเชีย ครั้งที่ 1 โดยเป็นการจัดการประชุมระหว่างราชวิทยาลัยแพทย์ออร์โธปิดิก
ส์แห่งประเทศไทย ร่วมกับ International Osteoporosis Foundation (IOF) โดยทางราชวิทยาลัยแพทย์ออร์โธปิดิกส์ฯ ได้แต่งตั้งให้นายแพทย์สุทร บวรรัตนเวช เป็นประธานจัดการประชุมวิชาการดังกล่าว โดยได้ทำหนังสือเรียนเชิญอาจารย์ผู้ใหญ่ในสาขาต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง เช่น สาขาออร์โธปิดิกส์ สาขาอายุรศาสตร์ สาขาเวชศาสตร์ฟื้นฟู และสาขาสูตินรีเวชศาสตร์ มาร่วมเป็นกรรมการ
ในระหว่างดำเนินงาน ทางคณะกรรมการฯ ได้เล็งเห็นว่าปัญหาโรคกระดูกพรุน กำลังจะเป็นปัญหาสาธารณสุขระดับชาติในอนาคต ถ้าหากไม่ได้มีการร่วมมือจากแพทย์ทุกสาขาที่เกี่ยวข้องในการรณรงค์ให้ประชาชนมีความรู้ความเข้าใจ ตลอดจนแพทย์ซึ่งอยู่ในแต่ละสาขาที่เกี่ยวข้อง จำเป็นจะต้องได้รับการศึกษาเกี่ยวกับโรคกระดูกพรุนที่ถูกต้อง นอกจากนี้ยังไม่มีองค์กรกลางของประเทศไทยที่จะรวบรวมแพทย์ทุกสาขาที่เกี่ยวข้องเพื่อมาทำงานร่วมกันในระดับชาติและเป็นองค์กรกลางในการติดต่อกับนานาประเทศ จึงได้มีความคิดริเริ่มที่จะก่อตั้งมูลนิธิโรคกระดูกพรุนแห่งประเทศไทยขึ้นมาโดยมีวัตถุประสงค์ดังกล่าว
คณะกรรมการโครงการก่อตั้งจึงได้เรียนปรึกษาและขอคำแนะนำจากศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์ดิเรก อิศรางกูร ณ อยุธยา ซึ่งท่านได้กรุณานำความขึ้นกราบทูลสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ถึงความจำเป็นในการก่อตั้งมูลนิธิฯ และพระองค์ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ รับมูลนิธิไว้ในพระอุปถัมภ์
