Lisans öncesi öğrenimini Konya Maarif Koleji'nde bitirmiştir. Ardından Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde başladığı tıp eğitimini 1978 yılında tamamlayarak tıp doktoru unvanı almıştır. İhtisasını ise Gülhane Askeri Tıp Akademisi Genel Cerrahi Anabilim Dalı'nda ve Plastik Cerrahi Anabilim Dalı'nda tamamlamıştır. Ardından GATA Plastik Cerrahi Anabilim Dalı'nda sırasıyla Yardımcı Doçent, Doçent ve Profesörlük Akademik unvanlarını almıştır. Uzun yıllar GATA Plastik Cerrahi Anabilim Dalı Başkanlığı görevini sürdürdükten sonra yaklaşık 7 yıl önce bu görevinden ayrılan Prof. Dr. Mustafa ŞENGEZER, halen muayenehanesinde serbest hekim olarak mesleki çalışmalarını sürdürmektedir. Dr. Mustafa ŞENGEZER, akademik kariyeri esnasında 2 yıl süreyle Amerika’da Kentucky Üniversitesi Plastik Cerrahi Bölümünde üst eğitim almıştır. Bunun yanı sıra daha kısa sürelerle Almanya, Finlandiya ve Amerika/Miami'de Estetik ve Plastik Cerrahinin farklı konularında yurtdışı eğitimlerini tamamlamıştır. Sayısız ulusal ve uluslararası kongrelerde bildiriler sunmuş, konferanslar vermiş olan Prof. Dr. Mustafa ŞENGEZER, halen dünyanın pek çok farklı ülkesinde konferanslar vermeye devam etmektedir. Türk Plastik Cerrahi Dergisi'nin 4 yıl boyunca editörlük görevini başarı ile sürdürmüştür. Ayrıca kendisinin, uluslararası saygın Plastik Cerrahi dergilerinde 110'a yakın yabancı dilde yazılmış makalesi ile yurt içinde yayınlanan 60'a yakın makalesi bulunmaktadır.
