Bệnh viện Đa khoa thành phố Cần Thơ có một bề dày lịch sử xây dựng và phát triển gắn liền với những thay đổi về chính trị và chia tách địa giới hành chính của tỉnh Cần Thơ.
Bệnh viện Thủ khoa Nghĩa được xây dựng từ năm 1895 trên diện tích 2,6ha, quy mô 200 giường bệnh. Đây là bệnh viện lớn nhất khu vực, trực thuộc Bộ Y tế Sài Gòn. Ngày 5-5-1975, Bệnh viện Thủ Khoa Nghĩa đổi tên thành Bệnh viện Đa khoa khu Tây Nam bộ.
Vào ngày 4-3-1976, Quốc hội quyết định nhập 2 tỉnh Cần Thơ và Sóc Trăng thành tỉnh Hậu Giang. Bệnh viện Đa khoa Tây Nam bộ được đổi tên thành Bệnh viện Đa khoa Hậu Giang. Sốgiường được nâng lên 550 giường, phục vụ điều trị cho nhân dân cả khu vực.
Năm 1992, tỉnh Hậu Giang tách ra thành 2 tỉnh Cần Thơ và Sóc Trăng, Bệnh viện Đa khoa Hậu Giang lại đổi tên thành Bệnh viện Đa khoa Cần Thơ. Lúc này, BV đã đào tạo được lực lượng bác sĩ có tay nghề chuyên môn cao nên thu hút rất đông bệnh nhân các tỉnh ĐBSCL.
Năm 2004, tỉnh Cần Thơ tiếp tục chia tách thành tỉnh Hậu Giang và thành phố Cần Thơ, đô thị trực thuộc Trung ương. Đến thời điểm này, Bệnh viện ĐKTP Cần Thơ đã hoàn tất sứ mệnh lịch sử hơn 1 thế kỷ phục vụ nhân dân.
Ngày 26-8-2009, BV ĐKTP Cần Thơ quy mô 500 giường chính thức khởi công với tổng mức đầu tư là 853 tỉ đồng. Công trình BVĐKTP Cần Thơ có diện tích xây dựng 8.997,23m2, diện tích sàn sử dụng là 49.646,5m2. Các hạng mục xây lắp gồm khối nhà chính của bệnh viện, quy mô 1 tầng hầm và 9 tầng lầu.
Ngay sau đó, BV ĐKTP Cần Thơ được chính phủ phê duyệt dự án mua sắm trang thiết bị từ với tổng mức 22 triệu EURO. Trong đó, nguồn hỗ trợ từ vốn ODA (Pháp) là 19,5 triệu EURO. Mục tiêu của dự án là đầu tư trang thiết bị, nhằm nâng cao chất lượng, đáp ứng nhu cầu khám chữa bệnh của người dân.
Bệnh viện Đa khoa thành phố Cần Thơ hoàn thành là cơ sở khám chữa bệnh hiện đại, đáp ứng nhu cầu chăm sóc sức khỏe người dân thành phố Cần Thơ và các tỉnh lân cận. Là cơ sở thực hành của trường Đại hoạc Y Dược, Cao đẳng Y tế và nhiều trường Trung cấp Y Dược trên địa bàn thành phố Cần Thơ. Góp phần nâng cao chất lượng đào tạo đội ngũ thầy thuốc của thành phố Cần Thơ và khu vực ĐBSCL.