Bệnh viện có 34 khoa phòng và trung tâm được chia thành 4 khối: lâm sàng, cận lâm sàng, các trung tâm và khối các phòng ban chức năng. Bệnh viện có 500 cán bộ, công chức, viên chức, người lao động trong đó có 05 Phó Giáo sư, 16 Tiến sĩ, 51 Thạc sĩ, 17 Bác sĩ chuyên khoa cấp II, 10 Bác sĩ chuyên khoa cấp I, 38 Bác sĩ, 03 DS CKI, 11 DS đại học, 35 DSTC, 37 cử nhân điều dưỡng, 07 điều dưỡng cao đẳ
ng, 114 điều dưỡng trung học, 03 KTV CĐ, 17 ĐH, 11 KTVTH .... 1/2 cán bộ đại học và trên đại học. Với đội ngũ các giáo sư, tiến sĩ, thạc sĩ, bác sĩ chuyên khoa II, chuyên khoa I và các bác sĩ giàu kinh nghiệm, bệnh viện là cơ sở điều trị, nghiên cứu, và giảng dạy về YHCT lớn nhất trong cả nước. Bệnh viện có 630 giường bệnh, có các khoa lâm sàng Nội, Ngoại, Phụ, Nội Nhi, Châm cứu dưỡng sinh, Lão, Hồi sức cấp cứu, Da liễu, Kiểm soát và Điều trị Ung bướu, Khám chữa bệnh tự nguyện chất lượng cao, Khoa khám bệnh, Khoa thận tiết niệu và nam học, Khoa đa khoa ngũ quan, Khoa cơ xương khớp; với đầy đủ các trang thiết bị hiện đại để phục vụ cho chẩn đoán, điều trị và nghiên cứu khoa học. Kể từ khi thành lập, với chức năng và nhiệm vụ chính là kế thừa, phát huy và phát triển YHCT, kết hợp YHCT với YHHĐ trong điều trị và dự phòng, bệnh viện đã đạt được rất nhiều thành tựu trong phát triển YHCT. Nhiều công trình nghiên cứu khoa học cấp nhà nước, cấp bộ và cơ sở nhằm đánh giá tính an toàn và hiệu lực của thuốc YHCT, nghiên cứu xây dựng qui trình bào chế và tiêu chuẩn hóa thuốc YHCT, nghiên cứu ứng dụng các phương pháp dùng thuốc và không dùng thuốc YHCT trong điều trị và dự phòng các bệnh thường gặp, các bệnh mạn tính, khó chữa...đã được thực hiện và được đánh giá cao tại nhiều hội nghị YHCT trong nước và quốc tế
Với vai trò là trung tâm trao đổi thông tin trong và ngoài nước, hàng năm bệnh viện YHCT Trung ương xuất bản và phát hành tạp chí nghiên cứu Y dược học cổ truyền. Các chuyên gia và các bác sĩ của bệnh viện thường xuyên được cử đi nước ngoài để tham dự các hội nghị, hội thảo, giảng dạy, và nghiên cứu chuyên sâu. Bệnh viện cũng thường xuyên có nhiều chuyên gia, học sinh nước ngoài đến trao đổi kinh nghiệm, học tập, tìm hiểu và nghiên cứu về YHCT Việt Nam. Trong tiến trình phát triển, hội nhập YHCT với các nước trong khu vực và thế giới, bệnh viện đang từng bước hiện đại hóa trên cơ sở giữ vững bản sắc của YHCT, kết hợp tinh hoa của hai nền YHCT và YHHĐ góp phần phục vụ cho sức khỏe cộng đồng ngày một tốt hơn. Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ương nguyên là Viện nghiên cứu Đông y được thành lập ngày 7 tháng 6 năm 1957 theo quyết định số 238/Ttg của Thủ tướng Chính phủ. Ngày 18 tháng 6 năm 2003 đổi tên thành Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ương
