Khoa phẫu thuật tiêu hóa Bệnh viện Việt Đức được thành lập vào tháng 10 năm 1954 với tên gọi là Khoa Phẫu thuật dạ dày do bác sỹ Nguyễn Văn Vân làm chủ nhiệm khoa. Trải qua thời kỳ xây dựng chủ nghĩa xã hội ở Miền Bắc và chống chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ, cũng như sau ngày thống nhất đất nước, khoa Phẫu thuật tiêu hóa luôn luôn hoàn thành xuất sắc các nhiệm vụ được giao, không ngừng phấu đấu vươn lên về chuyên môn kỹ thuật và đã trở thành một trong những khoa phẫu thuật tiêu hóa đầu ngành của cả nước, hàng năm công trình nghiên cứu khoa học đã thực hoàn thành và được ứng dụng rộng rãi có hiệu quả cao, nhiều phẫu thuật tiêu hóa mũi nhọn đã thực hiện thành công như phẫu thuật cắt gan, cắt thần kinh X, cắt thực quản, cắt khối tá tụy, phẫu thuật nội soi ...Các nghiên cứu và đóng góp này đã góp phần đưa ngành phẫu thuật tiêu hóa của Việt Nam từng bước vươn lên ngang tầm khu vực và thế giới. Đặc biệt, khoa Phẫu thuật tiêu hóa đã được GS Tôn Thất Tùng chọn làm cơ sở để nghiên cứu về ung thư gan, phẫu thuật cắt gan. Khoa cũng là nơi GS Nguyễn Trinh Cơ thực hiện nghiên cứu về cắt thần kinh X trong điều trị bệnh loét dạ dày – tá tràng, công trình đã được tặng giải thưởng Nhà nước về khoa học và công nghệ. Khoa Phẫu thuật tiêu hóa đã tiến hành nhiều phẫu thuật mũi nhọn: cắt thực quản nội soi ngực bụng, nội soi khe hoành, phẫu thuật cắt thần kinh X nội soi, cắt dạ dày , đại trực tràng nạo vét hạch nội soi, cắt gan, cắt khối tá tụy nạo vét hạch trong điều trị ung thư đường tiêu hóa. Hàng trăm công trình nghiên cứu khoa học đã hoàn thành và được ứng dụng rộng rãi, có hiệu quả cao:…
Khoa Phẫu thuật tiêu hóa hiện nay có 01 Giáo sư, 02 PGS.TS, 2 tiến sỹ, 5 thạc sỹ, và 24 Điều dưỡng, 3 trợ giúp chăm sóc và 1 nhân viên tin họcCác Giáo sư, Bác sĩ của khoa và bệnh viện đã tham gia huấn luyện và giảng dạy phương pháp cắt gan Tôn Thất Tùng cho các bác sĩ Cu Ba, Italia, Pháp tại Việt Nam. Hợp tác với nhiều Giáo sư, bác sĩ, phẫu thuật viên và các hội phẫu thuật tiêu hóa trên toàn thế giới như: Pháp, Mĩ, Anh, Thụy sỹ, Austrlia, Đài Loan, Nhật Bản…
